Disaat masih banyak sekolah-sekolah yang masih mengadakan Per "Ploncoan" saat MOS Siswa baru, berbeda dengan SMK Muhammadiyah Seyegan. Kegiatan MOS di SMK Muhammadiyah Seyegan diawali dengan perkenalan antara siswa dengan Guru dan Karyawan, dan dilanjutkan pengenalan tata tertib sekolah. Pada hari pertama masih banyak siswa baru yang belum mengikuti MOS dikarenakan sebagian siswa baru tidak hadir dengan alasan sakit.
Dan pada hari kedua MOS, kehadiran siswa baru sudah mencapai 90 %, untuk kegiatan MOS dihari kedua diisi dengan Pendidikan Karakter Siswa, Pengenalan Sekolah, Pendidikan Agama dan kegiatan Kemuhammadiyahan.
Puncak kegiatan MOS Siswa Baru SMK Muhammadiyah Seyegan tahun ini ditutup dengan kunjungan ke Museum Memorial Purnawirawan TNI, Jendral H.M Soeharto di Dusun Kemusuk, argomulyo, sedayu, bantul. Para siswa baru didampingi bapak dan ibu guru serta karyawan SMK Muhammadiyah Seyegan nampak antusias dan senang sekali dengan puncak kegiatan MOS ini dikarenakan mereka mendapatkan pelajaran sejarah yang sangat berharga dari salah seorang putra bangsa yang ikut berjuang mempertahankan Kemerdekaan Republik Indonesia dari Penjajah.
Dan setelah selesai mengikuti kegiatan MOS, beberapa siswa mengikuti Latihan Upacara Bendera di Halaman SMK Muhammadiyah Seyegan.
